WERNER PFAFF studierte Klavier und Komposition in Trossingen, Dirigieren und Gesang in Karlsruhe sowie Musikwissenschaft, Germanistik und Philosophie in Freiburg. Sein wichtigster Lehrer war Hans Michael Beuerle (Chorleitung). Weitere wichtige künstlerische Erfahrungen sammelte er bei der Zusammenarbeit mit u.a. Solti, Sinopoli, Chailly, Inbal, Harnoncourt, Gielen, Marriner, Rostropowitsch, Penderecki und Ericson.

1980 gründete er den Kammerchor STUDIO VOCALE KARLSRUHE, mit dem er mehrere internationale 1. Preise gewann. Einladungen zu Festivals in Europa, Amerika und Asien sowie zahlreiche Fernseh-, Rundfunk- und CD-Produktionen folgten.

Von 1989-96 hatte Werner Pfaff einen Lehrauftrag für Dirigieren an der Musikhochschule Frankfurt am Main, von 1992-95 zusätzlich an der Hochschule für Musik "Franz Liszt" in Weimar inne. Er arbeitet häufig mit Orchestern aus Deutschland, Frankreich, Polen und der Tschechoslowakei sowie Barockorchestern zusammen.

Häufige Einladungen als Gastdirigent ermöglichen Werner Pfaff die Zusammenarbeit mit Rundfunkchören im In- und Ausland (SWR Vokalensemble, WDR-Chor Köln, Chor des MDR Leipzig, Polnischer Rundfunkchor Krakau) und anderen (semi)professionellen Chören weltweit: u.a. "Seoul Motet Choir" Seoul (Korea), "Exaudi" (Kuba), "Basler Madrigalisten" (Schweiz), "Grupo de Canto Coral de Buenos Aires" (Argentinien), "Jauna Muzika" Vilnius (Litauen).
Werner Pfaff ist ein gesuchter Leiter internationaler Chorateliers (u.a. Korea, Philippinen, Kuba, Argentinien, Chile, Venezuela, Israel, und vielen europäischen Ländern), er gibt regelmäßig Dirigierkurse und Meisterklassen in der ganzen Welt.

Seit 1991 gehört Werner Pfaff zusammen mit Jan Szyrocki zu den ständigen Dirigenten der Deutsch-Polnischen Chor-Akademie "In terra pax".

Berufungen in die Jury bei internationalen Chorwettbewerben führten ihn u.a. nach Tours, Tolosa, Riva del Garda, Trelew (Argentinien), Netanya (Israel), Miedzyzdroje (Polen), Maasmechelen (Belgien), Maribor (Slowenien) und Zwickau.